Летописная история храма начинается в 1627 году с упоминания о деревянной шатровой церкви святого Николая Чудотворца в вотчине князя Никиты Петровича Борятинского – селе Клёново. В 1793 году, вместо деревянной церкви возведен каменный храм с приделами св. Николая Чудотворца и апп. Петра и Павла. В 1871 году в память об избавлении от эпидемии холеры жители Кленово и окрестных деревень предложили устроить в трапезной части храма ещё один придел – в честь Владимирской иконы Божией Матери. В 1903 году А.И. Шамшин, владелец усадьбы Кленово, строит при храме богадельню во имя святой великомученицы Варвары. В 1927 году храм был закрыт (а вместе с ним и богадельня), а в 1933 году превращен в зернохранилище. Последний приходской батюшка – Николай Вознесенский – по доносу жителей был сослан в северные лагеря и расстрелян в 1937 г. на Бутовском полигоне. Старинное кладбище вокруг храма уничтожено. После великой Отечественной войны , во время которой была взорвана колокольня, храм использовали как общежитие для рабочих и магазин и, наконец, он пришел в полное запустение. В 1991 году храм был передан Русской Православной Церкви. 26 октября 1991 года, в день празднования Иверской иконы Божией Матери, вновь образована православная община. С 2001 по 2004 г. изготовлен и установлен 16 метровый резной позолоченный иконостас. 21 ноября 2004 г. по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, в день Архангела Михаила, храм был освящен архиепископом Можайским Григорием. В 2007 году изготовлены и установлены иконостасы в пределах Владимирской иконы Божией Матери и св. апостолов Петра и Павла.